في عام 2004، ونتيجة التهديدات المستمرة من قبل الجماعات المسلحة والتفجيرات التي استهدفت وكالات الأمم المتحدة، قامت هذه الوكالات باتخاذ العاصمة عمان – الأردن كقاعدة لمعظم أنشطتها.

وتحتفظ اليونسكو بموظفين عراقيين في بغداد وإربيل بالإضافة إلى مراقبين في مناطق أخرى من العراق يقومون بزيارات ميدانية مستمرة إلى جميع أنحاء البلاد من أجل متابعة تنفيذ المشاريع التي تقوم بها المنظمة وتقديم تقارير حول تطوّرها وتقييم نتائجها.. بالإضافة إلى ذلك، يقوم الموظفون الدوليون بالسفر للعراق في مهمات رسمية وبشكل مستمر، كما تقوم المنظمة بالعمل على تعزيز قدراتها على الصعيد المحلي لضمان استمرارية العمل.

وتقوم اليونسكو بدراسة وتنفيذ مشاريع تنسجم تماماً أهداف الخطة الوطنية للتنمية (2010-2014) وما أقرته وثيقة العهد الدولي مع العراق، وتتناسب مع أهداف شركائها المحلين الأساسيين وهم: وزارة التربية، وزارة التعليم العالي والبحث العلمي، وزارة الموارد المائية، وزارة العمل والشؤون الاجتماعية، وزارة الثقافة، وزارة السياحة والآثار، إدارات المحافظات، الهيئة العليا المستقلة للانتخابات، هيئة الاتصالات والإعلام، وغيرها من المؤسسات الحكومية، بالإضافة إلى المنظمات غير الحكومية المحلية والدولية.

كما تجري اليونسكو عدد متزايد من المشاريع بشكل مشترك مع وكالات الأمم المتحدة الأخرى.