أُنشئ المكتب في الدوحة عام 1976 وذلك استجابة لطلب دول الخليج العربي بعد موافقة من المؤتمر العام لليونسكو، ويخدم المكتب الدول الأعضاء الستة التابعة لليونسكو وهي كل من السعودية البحرين والكويت وقطر والإمارات وعمان.
يعتبر مدير المكتب الإقليمي الممثل الرسمي للدول الخليجية الأعضاء. بالإضافة إلى برامج التعليم والثقافة فالمكتب مسئول عن برنامج العلوم البيئية لدول الخليج العربي.
يقوم المكتب بتنظيم أنشطة وفقا لما تحتاجه الدول الأعضاء، كما أنه على اتصال دائم مع اللجان الوطنية لليونسكو وذلك عن طريق تقديم الاستشارات المستمرة وتبادل الرسائل والدعم والتعاون مع المؤسسات الإقليمية والدولية.
كان لليونسكو دورا هاما في إنشاء جامعة قطر، وتقوم حكومة دولة قطر بتقدم مساهمة مالية سنوية لتغطية مصاريف المكتب.